Quatre lacs naturels se nichent dans les ondulations du relief des estives : Born, Saint-Andéol, Salhiens et Souveyrols. La formation des cuvettes à l’origine de ces lacs est liée au surcreusement glaciaire, d’où leur nom de lacs glaciaires. Ils sont entourés de nombreuses zones humides et tourbières qui abritent une grande diversité floristique et faunistique : Agrions, Ligulaire de Sibérie, Canneberge, Scheuchzérie des marais…
Situé à proximité du ruisseau Bès, le lac des Salhiens s’étend sur 4 hectares. Son exutoire forme un cours d’eau qui aboutit à la Cascade du Déroc. Ses berges marécageuses rendent son accès difficile. Un sentier autour du lac conçu par la Fédération des Chasseurs permet de découvrir en quelques kilomètres les différents paysages de l’Aubrac
Situé à côté du village d’Aubrac, le lac des Moines offre une très belle vue sur le village et les pâturages qui l’entourent. Il est, en réalité, une retenue artificielle qui a pour but de contrôler le débit de la Boralde de St Chély d’Aubrac qui approvisionne de nombreux foyers aveyronnais en eau potable. Sa capacité est de 1 260 000 m3.
Le plus petit des 4 lacs naturels du haut plateau, le lac du Souveyrols possède la particularité d’être entouré d’un tapis de sphaignes (mousses formant des coussins verts gorgés d’eau) créant des « tremblants », zones végétales s’avançant sur les eaux. Il est donc formellement déconseillé de s’en approcher. Le site est également réputé pour la ligulaire de Sibérie, plante rarissime au sud de la France et totalement protégée. Sa floraison a lieu au mois d’août. Qualifiée de relictuelle, c’est-à-dire vestige d’une population jadis beaucoup plus importante, elle est apparue lors des périodes glaciaires et demeure depuis 12 000 ans dans ces écosystèmes tourbeux.
Situé à 1350 mètres d’altitude, c’est la porte d’entrée de la Route des Lacs quand on accède au plateau par les Boraldes lozériennes. L’étang de Bonnecombe est entouré de tourbières et de zones marécageuses, qui accueillent une faune sauvage variée. Un ponton permet d’y accéder facilement et de circuler autour de l’étang été comme hiver. Il s’y pratique une activité de pêche de loisir (vente de carte à la journée) et des aires de pique-nique ombragées sont à disposition.
Mares, sagnes, prairies humides, tourbières… les zones humides de l’Aubrac sont très diversifiées et représentent un extraordinaire réservoir de biodiversité animale et végétale. Ces milieux, où le sol est gorgé d’eau une majeure partie de l’année, donnent naissance aux ruisseaux et torrents, et sont indispensables à leur bon fonctionnement. Ils jouent un rôle « d’éponge », en accumulant l’eau en période pluvieuse, et en la restituant à la rivière en période sèche.
Située à proximité de la station de ski de Laguiole, la tourbière de la Vergne noire est un site majeur pour la scheuchzérie des marais et l’andromède à feuilles de polium. A l’origine, la tourbière était un lac glaciaire.
Elle se découvre aujourd’hui depuis un sentier d’observation écologique et botanique.
Le territoire du Parc naturel régional de l’Aubrac offre une mosaïque de paysages très variés, principalement liés à la géologie et l’activité humaine.