Le plateau de l’Aubrac est ceinturé par les vallées du Lot au sud, de la Truyère au nord et à l’ouest et de la Colagne à l’est. Cette frontière d’eau se poursuit également sur la partie est, où les vallées de la Truyère et de la Colagne, « reliées » par un canal, séparent le massif de l’Aubrac de la Margeride.
La Truyère prend sa source dans la montagne de la Margeride. Elle marque la limite est et nord-ouest du territoire. Ponctué par un complexe hydroélectrique qui couvre une grande partie de son cours, le « système Truyère » constitue une pièce maîtresse du réseau électrique français grâce à une puissance importante et une grande souplesse de fonctionnement. Il est reconnu d’intérêt national. Plusieurs retenues d’importance, Grandval, Lanau, sont le support d’activités de loisirs aquatiques.
Rivière emblématique de l’Aubrac, le Bès prend sa source à 1 440 m d’altitude et draine quasiment toutes les eaux à l’est de la ligne de crête basaltique. Sur une distance de 31 km le Bès présente différents profils :
Descendu du Mont Lozère, le Lot marque la limite sud du massif de l’Aubrac. Suivant la nature des terrains, sa vallée s’encaisse dans des défilés rocheux pour s’ouvrir ailleurs en bassins fertiles. Il reçoit l’apport des eaux de la Truyère, son principal affluent, à Entraygues. Il a, de tout temps, joué un rôle majeur pour le développement économique des villes et villages qui le bordent dont certains sont classés parmi les plus beaux villages de France.
Elles désignent un ensemble de petits affluents de la rive droite du Lot qui prennent leur source sur le haut plateau de l’Aubrac, et s’écoulent sur son versant sud-ouest. Les Boraldes sont des rivières assez courtes, de 10 à 30 km. Rapides, la plupart d’entre elles dévalent une pente d’environ 1000 mètres entre leur source et leur confluence avec le Lot. Elles coulent parallèlement les unes aux autres, entre les anciennes coulées de lave, au fond de petites vallées boisées, étroites et très profondes.
Ces milieux sont d’une très grande richesse et représentent un des secteurs les plus préservés du territoire.
Il s’agit d’un ensemble de petits cours d’eau, affluents schisteux de la rive droite du Lot, en aval d’Espalion et jusqu’aux abords des gorges du Lot après Estaing. Ils naissent à mi-pente du massif de l’Aubrac, sur la Viadène, et non sur les hautes terres du plateau, comme les Boraldes.
La Colagne prend sa source dans la montagne de la Margeride et marque la limite sud-est du territoire. A Saint Léger de Peyre, elle s’enfonce dans d’étroites gorges de schiste et reçoit dans sa partie aval des affluents majoritairement issus de l’Aubrac.
Le plateau de l’Aubrac est parsemé de nombreux ruisseaux et lacs d’origine volcanique ou glaciaire. Situés au milieu des pâturages pour un grand nombre d’entre eux, ils constituent des éléments marquants des paysages de l’Aubrac et alimentent les affluents du Bès.
L’Aubrac abrite une mosaïque de zones humides d’intérêts hydrologiques, écologiques et patrimoniaux particulièrement remarquables. C’est notamment le cas des tourbières, nombreuses sur l’Aubrac, qui se sont développées dès l’époque tardiglaciaire (fin du pléistocène, entre -18 000 à -11 500 ans av JC) dans les dépressions laissées par l’érosion glaciaire après la fonte des glaces. Ce sont des espaces remarquables par la présence d’une faune spécifique et d’une diversité floristique importante avec de nombreuses espèces d’intérêt communautaire, de plantes reliques glaciaires (ligulaire de Sibérie, linaigrettes, droséras, etc…). Toutes ces plantes sont protégées.
